元条形码研究中样本保存的最佳实践建议：硅藻环境样本的案例研究

如今，硅藻 DNA 元条形码和高通量测序的发展为评估它们在淡水和海洋生态系统中的群落提供了一种有趣的方法。在将这些基因组方法实施到环境监测的背景下，协议限制正在从科学应用转向操作应用，需要操作指南和标准。特别是，硅藻元条形码过程的第一步，包括采样和存储，已在科学和试点研究中以各种方式得到解决。本研究的目的是比较三种目前应用的保存方法，通过不同的储存时间（从一天到一年），用于硅藻 DNA 元条形码分析的底栖植物和浮游植物样品。实验设计包括来自不同生态特征地点的四个淡水和两个海洋样本。通过硅藻元条形码终点评估保存和储存的影响：DNA 质量和数量、多样性和丰富度、群落组成和生态指数值（淡水样本）。仅在用乙醇保存的淡水底栖植物样品中提取的 DNA 的产量和质量有所下降。硅藻的多样性没有受到影响，它们的分类组成主要反映了地点的起源。只有稀有分类群（低于 100 个读数）在方法和持续时间之间存在差异。因此，选择保存方法的重要性对于低密度物种（稀有、入侵、受威胁或有毒物种）很重要。然而，出于生物监测的目的，无论考虑何种保存方法和保存时间（包括乙醇保存），淡水生态指数值均不受影响，反映了采集地点的生态状况。这项研究证明，硅藻元条形码足够强大，可以替代或补充当前基于形态分类学的方法，为生物监测的新可能性铺平道路。

Ana B, Cécile C, Maria K, et al. Best practice recommendations for sample preservation in metabarcoding studies: a case study on diatom environmental samples. bioRxiv; 2022. DOI: 10.1101/2022.05.04.490577.